Granada fue fundada en 1524 a orillas del Lago Cocibolca por el conquistador español Francisco Hernández de Cordoba junto a la aldea indígena de Xalteva. En la epoca colonial su importancia comercial se incremento cuando los bergantines mercantes españoles procedentes de Veracruz, Cartagena, Maracaibo, La Habana y Santo Domingo atracaban frente a su costa, luego de navegar por el mar Caribe, remontar el Rio San Juan y surcar por el Lago de Nicaragua.

Por esa misma razón la ciudad fue codiciada por los corsarios quienes en el siglo XVII la asaltaron y saquearon. El primer asalto lo realizaron los piratas John Davis y Henry Morgan. Este hecho ocurrio en 1665, cuando los bucaneros remontaron el rio San Juan y el lago para sorprender a la ciudad;,  hubo otro asalto  por la misma ruta y un tercero, por la costa vecina de Pacífico.

A mediados del siglo pasado se verificó un cuarto y ultimo asalto a la ciudad, a manos del filibustero William Walker, quien se apodero de la plaza de Granada, controlando luego el país con sus aventureros y autoproclamandose presidente de Nicaragua. Walker fue desalojado de Granada por las tropas combinadas de los paises centroamericanos, no sin antes incendiar sus principales edificios y reducirlos a cenizas en 1857. En su huida el filibustero dejo escrita sobre las ruinas de la ciudad la vengativa leyenda de: Here was Granada.

Por muchos años, hasta principios del presente siglo, Granada disputó la hegemonía a León de ser la principal ciudad de Nicaragua, antes que se impusiera y desarrollara Managua como capital de la nación.